최대 15년 법인세 제로…기업들이 ‘수도권 탈출’로 아낀 진짜 액수

📅 2026.07.06(월) 09:00 · 택스워치 · 강상엽 기자 — 「삼전닉스처럼 지방에 공장 짓는다면, 세금 얼마나 깎일까」 · 부제: “국세통계로 본 지방 이전 세제…기업 선택은 ‘본사·공장'”

💡 핵심 요약

• 지난달 29일 청와대 ‘대한민국 대도약 3대 메가프로젝트 국민보고회’에서 삼성전자·SK하이닉스가 발표한 총 3,200조원 반도체 투자(AI 데이터센터 제외) 중 800조원 호남 팹이 지방 이전 세제를 다시 조명받게 만들었다. 공장·본사를 수도권 밖으로 옮기는 기업에 주어지는 지방 이전 세액감면(법인세 최대 15년)이 다시 주목받고 있다.
• 2024년 국세통계연보 기준 본사 이전 70개 법인(중소 62·일반 8, 감면 383억)·공장 이전 69개 법인(중소 61·일반 8, 감면 261억)이 적용받아, 139개 법인이 한 해 600억원 넘는 법인세를 감면받았다. 조세지출 전망치는 공장 이전 610억·본사 이전 501억으로 지방 이전 지원 항목 중 1·2위다.
• 조특법 제127조(중복지원 배제)에 따라 기업은 자신에게 가장 유리한 제도 하나만 골라 적용한다.
• 2026년부터 감면 한도가 신설돼 ‘이전’ 자체보다 지방 투자·고용 성과에 혜택이 연동되며, 정부는 이달 말 세법개정안에 지방 투자·고용 기업 추가 지원 방안을 담는 것을 검토 중이다. 지역별 법인세율 차등은 ‘체리피킹’ 우려로 최종안에서 제외됐지만, 국회에서 다시 논의될 수 있다.

🔗 원문 보기 — 택스워치 「삼전닉스처럼 지방에 공장 짓는다면, 세금 얼마나 깎일까」 (강상엽 기자)

📖 알아두면 좋은 용어

📚 관련 기준 본문

조세특례제한법 제63조의2 — 수도권 밖 본사·공장 이전 세액감면

수도권과밀억제권역에 본점·주사무소 또는 공장을 두고 사업을 하는 법인이 이를 수도권 밖으로 이전하는 경우, 이전 후 발생하는 소득에 대해 법인세를 감면한다. 감면 수준과 기간은 이전 지역에 따라 차등 적용된다.

· 성장촉진지역·인구감소지역 등 낙후지역: 10년간 100% 면제 + 이후 5년간 50% 감면(최대 15년)
· 지방 광역시: 7년간 100% + 이후 3년간 50%
· 중규모도시: 5년간 100% + 이후 3년간 50%
· 지방세 특례 병행: 공장·부지 취득세 전액 면제, 재산세 5년간 100% + 추가 3년간 50% 감면

기사 적용 — 기업이 실제 선택한 제도

2024년 국세통계연보 기준 ‘수도권 밖 본사 이전 세액감면’은 70개 법인(중소 62·일반 8)이 적용받아 감면액 383억원으로 가장 컸고, ‘수도권 밖 공장 이전 세액감면’은 69개 법인(중소 61·일반 8)이 적용받아 감면액 261억원을 기록했다. 본사·공장 이전 세제만으로 139개 법인이 한 해 600억원 넘는 법인세를 감면받은 셈이다. 본사 이전 적용 법인 수는 2022년 110개(중소 99·일반 11) → 2023년 95개(중소 88·일반 7) → 2024년 70개로 감소 추세지만, 통계에서 감면 종료 기업이 빠지고 신규 이전 기업이 더해지는 구조라 이전 수요 감소로 단정하기는 어렵다.

조세특례제한법 제127조 — 중복지원의 배제

동일 과세연도에 둘 이상의 세액감면 대상 요건을 충족하더라도 하나의 제도만 선택해 적용하도록 규정한다. 지방 이전 기업이 여러 감면을 중첩해 받지 못하고, 요건·감면 수준·기간을 비교해 가장 유리한 제도를 고르는 이유다.

국세청 관계자: “지방 이전 세제는 적용 요건과 감면 수준이 제도마다 달라, 기업들이 자신에게 가장 유리한 제도를 선택하는 경우가 많다.”

기사 적용 — 선택이 갈린 결과

감면율·적용 기간·입지 조건을 비교한 결과, 상대적으로 유리한 본사·공장 이전 세제에 기업이 몰린 반면, 국가식품클러스터 입주기업 감면은 11개 법인, 기업도시개발구역 입주기업 감면은 1개 법인에 그쳤다. 이들 클러스터·개발구역 감면은 법인세 감면 기간(3년 100% + 이후 2년 50%)이 본사·공장 이전 세제보다 짧다.

2026년 개정 — 세액감면 한도 신설(성과 연계)

올해부터 지방 이전 세제에 감면 한도가 신설돼, ‘이전’ 자체보다 ‘지방 투자·고용 성과’를 중시하는 방향으로 제도가 바뀌었다.

감면 한도 = ① 지방투자 누계액의 70% + ② 지방 근무 상시근로자 1인당 1,500만원(청년·서비스업은 2,000만원)
→ 세제 혜택을 더 받으려면 지역 투자와 고용을 함께 늘려야 하는 구조.

사안 연결 해설

이 기사의 핵심은 ‘지방 이전 = 법인세 감면’이라는 단순 명제가 아니라, 조특법상 여러 이전 세제가 병존하되 제127조에 따라 택일해야 한다는 설계와, 2026년 감면 한도 신설로 혜택이 투자·고용 성과에 연동되기 시작했다는 제도 변화에 있다. 삼성·SK의 총 3,200조원(호남 팹 800조 포함) 투자는 이 성과 연계형 세제가 겨냥하는 ‘대규모 투자 + 지역 고용’의 전형이며, 향후 세법개정안·’비수도권 조세 패키지 3법’ 논의(지역별 법인세율 차등)의 방향이 지방 이전 세무 설계의 변수가 될 전망이다.

지역별 법인세율 차등 — 정부안 제외, 국회는 여지

정부는 지역별 법인세율 차등적용을 검토했으나, 본사만 지방으로 옮기고 실제 경영은 수도권에서 하는 ‘체리피킹’ 가능성을 우려해 최종안에서 제외했다. 다만 비수도권 5개 상공회의소는 지방 기업의 법인세·근로소득세 차등을 요구하고 있으며, 관련 ‘비수도권 조세 패키지 3법‘이 국회에 발의된 상태다. 이들 단체 의뢰 연구에서는 비수도권 법인세를 5~10% 인하할 경우 연간 30조원 이상의 투자·생산유발 효과가 발생할 수 있는 것으로 추산됐다.

🔍 시사점

• 1. 제도 택일이 곧 세무 설계의 출발점 — 조특법 제127조로 감면은 하나만 선택 가능하다. 본사·공장 이전, 클러스터·기업도시 입주 중 감면율·기간·한도를 종합 비교해 최적 제도를 결정하는 사전 시뮬레이션이 필수다.
• 2. 낙후지역일수록 혜택 최대 — 성장촉진·인구감소지역(10년 전액+5년 50%)이 지방 광역시·중규모도시보다 유리하다. 입지 후보 선정 단계에서 감면 구조가 총투자 회수 기간에 직접 영향을 준다.
• 3. 2026년부터 ‘투자·고용 한도’가 실질 상한 — 감면 한도(투자 누계액 70% + 근로자당 1,500만/2,000만원)가 신설돼, 이전만으로는 기대 감면을 다 받기 어렵다. 투자·채용 계획과 감면 한도를 함께 모델링해야 한다.
• 4. 지방세 특례까지 통합 검토 — 취득세 전액 면제, 재산세 5년 100%+3년 50% 등 지방세 혜택이 병행된다. 법인세 감면만이 아니라 취득·보유 단계 지방세를 포함한 총 절세 효과로 판단해야 한다.
• 5. ‘체리피킹’ 규제 리스크 유의 — 정부가 본사만 옮기고 실제 경영은 수도권에서 하는 형태를 우려해 지역별 법인세율 차등을 최종안에서 제외했다. 실질 경영활동의 지방 이전 여부가 향후 요건 강화·사후관리의 초점이 될 수 있다.
• 6. 세법개정안·국회 입법 모니터링 필요 — 이달 말 세법개정안의 지방 투자·고용 추가 지원, ‘비수도권 조세 패키지 3법'(비수도권 법인세 5~10% 인하 시 연 30조+ 투자·생산유발 추산) 논의가 재점화될 수 있다. 투자 의사결정 타이밍에 반영해야 한다.
• 7. 조세지출 규모의 시장 시그널 — 공장 이전 610억·본사 이전 501억 조세지출 전망치는 정부가 지방 이전 유인에 실제로 재원을 배분하고 있음을 보여준다. 산업·중기·에너지 조세지출 총 17.9조 중 이전 세제 비중은 작지만, 대규모 팹 투자와 결합하면 파급력이 크게 확대된다.